无尘车间的洁净等级通常依据《GB 50073-2013 洁净厂房设计规范》或ISO 14644标准划分，如ISO 5级（相当于100级）、ISO 7级（相当于10,000级）等。不同产品的制造对洁净等级要求不同，设计时必须结合行业标准与工艺流程确定合理等级。
空气流向设计直接影响洁净室的污染控制效果。常见的气流组织形式包括层流（单向流）与乱流（非单向流）两种。其中层流适用于高洁净度要求的车间，气流自顶向下，快速带走微粒，避免回流污染。
为了防止污染物通过缝隙或门缝渗入洁净区，通常采用“由高洁净区向低洁净区逐级降低”的压差控制策略，确保空气净流流动方向正确，一般推荐压差控制在5Pa以上。
无尘车间内部应采用不产尘、不吸尘、易清洁的建筑材料，如PVC板、不锈钢板、彩钢板等。车间布局应遵循人流、物流分离原则，减少交叉污染风险，同时设置更衣间、缓冲间、风淋室等辅助区域，以实现人员物品净化。
洁净车间最易被污染的来源是人和物料。因此运营中应制定严格的人员进出流程，包括更衣规范、进入顺序、洗手消毒等；同时物料进入前需进行擦拭、风淋处理，并设置物料传递窗，减少开门次数。
定期清洁是维持洁净等级的重要措施。应根据不同洁净区域制定相应的清洁频率和工具要求。例如百级区域每日至少清洁两次以上，使用专用吸尘器、无尘拖布等设备；并定期更换高效过滤器（HEPA）以保证空气质量。
需实时监测温湿度、洁净度、压差、风速等环境参数，并记录在案。可通过中央监控系统实现远程管理与预警，及时发现异常，保障无尘车间持续稳定运行。
对操作人员进行洁净室行为规范、设备使用、应急处理等培训，提高员工的洁净意识和操作技能。建立完善的管理制度与考核机制，提升运营效率与执行力。
